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CT主要通過骨頭肌肉和脂肪之間不同的對比度來診斷，同時分辨率很高，是最常用的的診斷方式，可以看成是三維版本的胸透，但缺點是輻射劑量很高MRI的成像原理完全不同于CT，MRI對軟組織的對比度相當好，所以常被用來做腦。

CT對顱內腫瘤的診斷價值較高，腫瘤的占位改變，可顯示腫瘤的位置與形態，及內部出血鈣化囊液及脂質等變化對腦外傷或其他原因出血形成的血腫，CT掃描常能發現，并可觀察血腫的位置，形態和演變過程。

其次，二者的檢查側重范圍不一樣，磁共振對于軟組織滑膜血管神經肌肉肌腱韌帶和透明軟骨的分辨率高而CT在觀察骨頭肺出血等方面比較有優勢二者在檢查上，在臨床上可以做到優勢互補磁共振是沒有輻射的。