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1988年1月隨著嫩江地區與齊齊哈爾市合并，嫩江地區中心醫院正式過渡為學校第二附屬醫院1986年3月，國家教育委員會批復黑龍江省政府，齊齊哈爾醫學專科學校改建為齊齊哈爾醫學院1995年國家教委決定對學院進行教學工作合格評價，1996。

截止2020年，齊齊哈爾市三院有兩個，地址分別是1齊齊哈爾醫學院附屬第三醫院齊齊哈爾醫學院附屬第三醫院是一所三級甲等醫院醫院位于黑龍江省齊齊哈爾市鐵鋒區太順街，始建于1928年，醫院臨床和醫技科室設有55個專業。

齊齊哈爾醫學院第二附屬醫院1982年黑龍江省衛生廳決定將嫩江地區中心醫院作為學校的第二附屬醫院暫隸屬嫩江公署，1988年1月隨著嫩江地區與齊齊哈爾的合并，嫩江地區中心醫院正式過渡為學校第二附屬醫院 齊齊哈爾醫學院第。

富區第六醫院現在更名為齊齊哈爾醫學院第一附屬醫院，在富拉爾基區向陽路，做公交23路21路在富區說“六院”，婦孺皆知。